ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه‌های عامل بیماری نوار قهوه‌ای برنج با استفاده از rep-PCR *

بیماری نوار قهوه‌ای برنج (brown stripe of rice) از خزانه‌های برنج (Oryza  sativa L.)استان مازندران گزارش و عامل آن(Aaa)Acidovorax avenae subsp. avenae  شناسایی شده‌است (Rahimian. 1986, Iran Agric. Res. 5: 63-71). بررسی حاضر به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه‌های به دست آمده از خزانه های برنج استان مازندران انجام گرفت. پس از کشت نمونه‌های دارای علائم نوار قهوه‌ای و بر اساس آزمون‌های بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی، جدایه‌ها به عنوان Aaa  شناسایی و برای بررسی ژنوتیپی به کار برده شدند. نتایج آزمون‌های اکسیداز، کاتالاز، هیدرولیز نشاسته، هیدرولیز کازئین و هیدرولیز توئین 80 مثبت بودند. جدایه‌ها از سوربیتول و مانیتول به عنوان منبع کربنی استفاده کرده ولی قادر به استفاده از سوکروز و سالیسین نبودند(Rahimian. 1986, Iran Agric. Res. 5: 63-71). DNA ژنومی جدایه‌ها استخراج و انگشت نگاری DNA با rep-PCR و با استفاده ازآغازگرهای BOX و REP طبق روش های توصیه شده و با اندکی تغییر انجام گردید ( Versalovic  et al. 1991, Nucleic Acids Res. 19: 6823-6831 ). گروه‌بندی جدایه‌ها با مقایسه نقوش قطعات DNA در ژل و نمره‌دهی بر پایه وجود یا عدم وجود قطعات همسان و با استفاده از ضریب تشابه جاکارد صورت گرفت. دندروگرام با روش مقایسه جفت‌ها از طریق میانگین‌های بی‌وزن (UPGMA) و با استفاده از نرم‌افزار NTSYS 2.02 ترسیم گردید. مقایسه نقوش قطعات DNA تکثیر شده درrep-PCR، نشان داد که در سطح تشابه 20، 50 و 80 درصد جدایه‌ها با آغازگر BOX به ترتیب به 7، 16 و 23 گروه و با آغازگر REP به ترتیب به 5، 13 و 19 گروه دسته‌بندی شدند. خوشه‌بندی به دست آمده با نقوش حاصل از REP-PCR مطابقت بالایی با خوشه‌بندی انجام گرفته با BOX-PCRداشت. پیش از این گزارشی در زمینه وجود سطح بالایی از تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های این عامل باکتریایی در دست نبوده است.